Việc làm sạch màng thường được chia thành hai loại làm sạch vật lý và làm sạch hóa học, và tần số làm sạch hóa học càng cao thì tổn thương màng càng lớn, ảnh hưởng nghiêm trọng đến tuổi thọ của hệ thống màng.
Tần suất làm sạch màng có liên quan mật thiết đến mức độ cải thiện các biện pháp tiền xử lý. Việc xử lý trước hoàn hảo hơn, khoảng làm sạch càng dài; Mặt khác, đơn giản hơn là tiền xử lý, tần suất làm sạch càng cao. Việc làm sạch màng nói chung được theo sau bởi sự giảm 10% trong tỷ lệ dòng nước ngọt được điều chỉnh với tốc độ dòng chảy của 200 giờ đầu và 10% đến 20% áp suất khác biệt được quan sát. Cố gắng thực hiện các biện pháp càng nhiều càng tốt khi tỷ lệ khử muối giảm. Việc vệ sinh bảo vệ thường xuyên không đủ để bảo vệ hệ thống thẩm thấu ngược.
Các hệ thống làm sạch hóa học thường bao gồm một bể pha trộn hoá học và các máy bơm kết hợp, máy trộn, lò sưởi, và các loại tương tự. Theo kinh nghiệm điều hành để quyết định (theo từng cột thiết bị giảm áp suất đọc và đường cong thời gian chạy, hoặc dựa trên sản xuất nước, chất lượng nước ngọt và giảm áp lực màng, vv).
Các chất làm sạch hóa chất và các phương pháp được sử dụng để xác định theo nguồn ô nhiễm. Bảng dưới đây để tham khảo, nhưng nên chú ý nhiều hơn và áp dụng kinh nghiệm của đơn vị. Để đảm bảo hiệu quả, trong việc làm sạch hóa chất trước khi rửa. Rửa sạch trước khi bước đầu tiên, và sau đó gấp 2 đến 3 lần dòng nước bình thường rửa sạch màng, bởi vai trò của chất lỏng khuấy bẩn từ bề mặt màng ra khỏi màng bóc và rửa sạch.
