Sau một thời gian hoạt động bình thường, phần màng bị ô nhiễm bởi chất rắn lơ lửng hoặc các chất chịu nhiệt có thể có trong nước cấp. Trong điều kiện tiêu chuẩn của hiệu suất hệ thống giảm 10%, hoặc rõ ràng là sự xuất hiện của rộng hoặc bẩn, cần được làm sạch kịp thời. Thường xuyên thực hiện rửa nước và sử dụng hoá chất để phục hồi hiệu suất của màng và kéo dài tuổi thọ của màng.
Hệ thống nên rửa hệ thống mỗi 5 ngày một lần trong thời gian ngắn, và đóng van sau khi xông để ngăn ngừa tắc nghẽn.
Hệ thống ngừng hoạt động lâu dài (hơn 30 ngày), thêm 1% dung dịch natri bisulfit để ngăn ngừa sự phát triển của vi khuẩn.
